在单克隆抗体的制备过程中，筛选产生单一抗体的特异性杂交瘤细胞是本技术的关键步骤。在细胞混合物中含有骨髓瘤细胞、B淋巴细胞、骨髓瘤细胞与骨髓瘤细胞的融合细胞、B淋巴细胞与B淋巴细胞的融合细胞、骨髓瘤细胞与B淋巴细胞融合形成的杂交瘤细胞，通常采用HAT培养液进行筛选培养，由于B淋巴细胞不能在体外天然增殖，因而未融合的B淋巴细胞以及B淋巴细胞与B淋巴细胞的融合细胞不能在HAT培养液中培养。骨髓瘤细胞是次黄嘌呤-鸟嘌呤磷酸核糖转移酶缺陷型（HGPRT—）细胞，因而未融合的骨髓瘤细胞以及骨髓瘤细胞与骨髓瘤细胞的融合细胞在HAT培养液中不能利用次黄嘌呤作为前体合成鸟嘌呤和腺嘌呤，同时在HAT培养液中加入的氨基蝶呤阻断了利用脱氢叶酸还原酶合成嘌呤的第2条代谢途径，于是它们也不能增殖生长。只有骨髓瘤细胞与B淋巴细胞融合形成的杂交瘤细胞可以在HAT培养液中增殖生长，因为杂交瘤细胞从B淋巴细胞处获取了HGPRT，可以利用培养液中的外源次黄嘌呤，而培养液中添加的胸腺嘧啶可以克服由于氨基蝶呤抑制脱氢叶酸还原酶而阻碍的嘧啶合成。这样，在细胞融合大约10～14d之后，HAT培养液中只有骨髓瘤细胞与B淋巴细胞融合形成的杂交瘤细胞能够增殖生长。由于不同效应B细胞的特异性存在差异，经HAT培养液第一次筛选出的杂交瘤细胞产生的抗体可能不同，还必须对杂交瘤细胞群进行二次筛选，才可能筛选出产生特定抗体的杂交瘤细胞。二次筛选通常采用有限稀释克隆细胞的方法，将杂交瘤细胞多倍稀释，接种到多孔细胞培养板上，使培养板的每孔中只有一个细胞，通过培养使细胞增殖，然后可用酶联免疫吸附试验法检测每孔上清液中细胞分泌的抗体类型。上清液中能与特定抗原结合的培养孔即为阳性孔，阳性孔中的细胞还不能保证是来自单个细胞，继续进行有限稀释，一般重复3、4次，直至确定每孔中细胞为单克隆细胞。
在动物免疫中，应选用高纯度抗原。一种抗原往往有多个决定簇，一个动物体在受到抗原刺激后产生的体液免疫应答，实质是众多B细胞群的抗体分泌。而针对目标抗原表位的B细胞只占极少部分。由于细胞融合是一个随机的过程，在已经融合的细胞中，有相当比例的无关细胞的融合体，需细筛选去除。筛选过程一般分为两步进行：一是融合细胞的抗体筛选，二是在此基础上进行的特异性抗体筛选。将融合的细胞进行充分稀释，使分配到培养板的每一孔中的细胞数在0至数个细胞之间（30
